विज्ञान और संबंधित क्षेत्रों में गुणवत्तापूर्ण शिक्षा और अनुसंधान को बढ़ावा देने के लिए शिक्षा मंत्रालय, भारत सरकार की घोषणा के माध्यम से आईआईएसईआर बनाए गए थे। पहले दो आईआईएसईआर (पुणे और कोलकाता) 2006 में स्थापित किए गए थे। इसके बाद मोहाली (2007), भोपाल और त्रिवेंद्रम (2008), तिरुपति (2015), और बेरहामपुर (2016) में एक संस्थान था। आईआईएसईआर को एनआईटी (संशोधन) अधिनियम, 2012 (एनआईटी अधिनियम 2007) की छत्रछाया के तहत राष्ट्रीय महत्व के संस्थानों के रूप में शामिल किया गया था। 2014 में अधिनियम में और संशोधन किया गया, जिसका नाम NITSER ACT 2014 रखा गया। प्रत्येक IISER एक डिग्री देने वाला स्वायत्त संस्थान है।
आईआईएसईआर भोपाल का उद्देश्य यूजी और पीजी छात्रों को गुणवत्तापूर्ण विज्ञान शिक्षा प्रदान करना है। संस्थान का मुख्य फोकस विज्ञान शिक्षा को अनुसंधान के साथ एकीकृत करना है। साथ ही, संस्थान उच्च नैतिक मूल्यों को प्रदान करने और सामाजिक और पर्यावरण जागरूकता पैदा करने के लिए प्रतिबद्ध है।
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